El Juez Federal concedió los recursos que interpusieron tanto la querella de AMIA-DAIA como el presentado por el Fiscal General Alberto Nisman, contra la resolución por la cual el Dr. Canicoba Corral declaró abstracto el pedido de inconstitucionalidad del memorándum firmado por la República Argentina con la República Islámica de Irán, bajo el argumento que el tratado aún no estaba en vigencia por cuanto no había constancia que Irán lo hubiese aprobado, pero no cuestionó ni puso en crisis ninguno de los argumentos esgrimidos a favor de la Inconstitucionalidad del Memorandum. Ahora es la Cámara Federal la que debe resolver el planteo.
 
Si bien no había dudas que la apelación interpuesta por las Instituciones representantes de la Comunidad Judía iba a ser concedido, existían dudas sobre que haría el Juez Canicoba Corral respecto de la apelación interpuesta por el Fiscal Alberto Nisman, ya que durante el trámite del amparo notificó del mismo, además de a Nisman, al Fiscal que se encontraba de turno a esa fecha, Miguel Angel Osorio, por entender que resultaba el fiscal natural en la acción de Amparo.

Finalmente, Canicoba Corral hizo lugar al planteo de Nisman, y concedió su recurso de apelación, al considerar que aunque no revestía la condición de Fiscal natural en el amparo, el hecho de resultar el Fiscal que tiene a su cargo la investigación del atentado a la sede de la Amia, y que su intervención no había sido objetada ni se había manifestado oposición a su presentación por parte del Fiscal de turno, y reuniendo la apelación los requisitos del artículo 15 de la ley 16.986, la articulación del Fiscal Nisman resultaba procedente.

Cabe recordar que Nisman, al igual que AMIA-DAIA, plantearon la inconstitucionalidad del memorándum con la República Islámica de Irán, por constituir una indebida intromisión del Poder Ejecutivo en un ámbito de reserva exclusivo del Poder Judicial de la Nación, al estar vedado al Poder Ejecutivo ejercer funciones judiciales, a la par que se violentaban los principios constitucionales de la División de poderes, la forma republicana de gobierno, la independencia judicial, el debido proceso, el juez natural, la garantía de defensa en juicio, la igualdad ante la ley, el derecho de acceso a la justicia y el derecho a una tutela judicial efectiva. Además de violentarse varios tratados internacionales con jerarquía constitucional, como la Declaración Americana de los Derechos del Hombre, de la Declaración Universal de los Derechos Humanos, la Convención Americana de Derechos Humanos y la Convención sobre la Prevención y Sanción del delito de Genocidio, lo que implicaba que Argentina podía ser sancionada internacionalmente por organismos del sistema de Derechos Humanos.

El Fiscal Nisman también sostuvo que de la letra del memorándum no surge que el Juez pueda llevar adelante un interrogatorio en Teherán, y mucho menos que dicho acto reúna las exigencias que se establecen para que una declaración indagatoria sea válida y pueda ser utilizada legalmente.